Hidalgo es uno de los estados que cuenta con mayor biodiversidad en el país y que cuenta con cinco áreas naturales protegidas federales, así como 36 del rubro estatal y tres sitios de humedades internacionales, sin embargo, el resto de las zonas forestales están en riesgo de disminuir su extensión por el crecimiento demográfico, según el estudio de Biodiversidad y Protección Forestal de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales federal (Semarnat).
El estudio federal detalló que las áreas naturales protegidas tanto por el gobierno federal como por el estatal mantienen las poblaciones de flora y fauna, aunque el resto de las regiones padecen erosiones de los ecosistemas, principalmente los bosques, lo que también afecta a los pequeños mamíferos, reptiles, anfibios y aves que coexisten en esas zonas.
De acuerdo con el estudio de la Semarnat federal, Hidalgo se encuentra en el décimo primer lugar a nivel nacional en cuanto a la mayor biodiversidad del país, pese a que concentra el 1.1 por ciento del territorio nacional, no obstante, se encuentra por debajo del promedio en cuanto a las zonas forestales que forman parte de la entidad con un total del 50 por ciento, mientras que en el resto de la nación es del 70 por ciento.
En total en Hidalgo el 6.6 por ciento del territorio estatal corresponde a áreas naturales protegidas, lo que representa un total de 138 mil 980 hectáreas, por lo que de las cinco áreas naturales protegidas federales, tres corresponden a los parques nacionales como son Los Mármoles, Tula y El Chico, así como la reserva de la biósfera y la barranca de Metztitlán.
Asimismo, la entidad cuenta con la cuenca hidrográfica del río Necaxa y las 36 áreas naturales estatales que son competencia de la Semarnath estatal y los tres sitios de humedades de importancia internacional, los cuales son considerados como ecosistemas fundamentales para la conservación y el uso sustentable de la biodiversidad que están en el Sistema de Represas y Corredores Biológicos de la cuenca hidrográfica del río Necaxa y la laguna de Tecocomulco.