De acuerdo con la información de la Secretaría de Cultura, la aparición del tren en Hidalgo tuvo su comienzo debido a la instalación del ferrocarril mexicano, el primero del país, el gobernador Rafael Cravioto puso empeño para lograr construir una línea ferroviaria interna que conectara al estado de Hidalgo con la que recorría de México a Veracruz, autorizando en 1978 la construcción de este ramal.

Para el año de 1880 esta línea solo tenía 17 Kilómetros (km) de construcción. Debido a la lentitud de los trabajos, el gobierno concesionó estas labores al ingeniero pachuqueño Gabriel Mancera para concluirlos.

Los 59 km del ramal que enlazaban a Pachuca fueron concluidos a finales de 1882, logrando conectarse con la vía México-Veracruz, a la altura del poblado de Irolo, este ramal incorporaba a Apan, Pachuca y Tulancingo.

Fue un gran beneficio para el comercio de hidalgo ya que mediante su recorrido se transportaban algodón, azúcar, frutas. Pulque, carbón, ganado, madera, café y viajeros.

A finales del siglo XIX en la región que abarca a Pachuca, Real del Monte y El Chico ocurren una serie de bonanzas que ayudaron a incentivar el establecimiento de ferrocarriles, esto beneficio a que materiales como leña, sol, mercurio, madera, alimentos y hasta maquinaria llegaran de forma más fácil, además se tuvo la posibilidad de disponer de carbón mineral importado para combustible que en ese momento era material básico para mantener el bombeo de los niveles profundos de las minas, el accionamiento de maquinaria y las fundiciones.

El ferrocarril se convirtió en un medio segura para realizar el envió de las barras de plata y oro, y así poder evitar arriesgarse con las “conductas”, nombre que se le daba a los viajes custodiados por jinetes armados que frecuentemente eran asaltados.

De acuerdo a algunas investigaciones de Jorge Gómez, la estación la capital se edificó sobre la línea de Tula a Pachuca por medio de la concesión numero 114.

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El Ferrocarril central operó a partir de 1892 el ramal Tula Pachuca que permitió alcanzar el puerto de Tampico y la frontera con Estados Unidos.

Fue hasta septiembre del 2007 que Ferrocarriles Nacionales de México (Ferronales) y la empresa Joma notificaron que la estación se había vendido, esto como resultado de la decisión que tomó el gobierno de Zedillo de reestructurar y privatizar a los ferrocarriles en 1996.